В 1996 году Ясли-сад №25 «Подснежник» отдела дошкольного воспитания комитета по образованию был переименован на муниципальное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для детей с отклонением в развитии комплекс «Вспомогательная школа - детский сад №25», которое располагалось по адресу: г. Рубцовск, ул. Светлова, 80
Первым была назначена Иванова Людмила Степановна, которая внесла значительный вклад в дело обучения и воспитания детей с отклонениями в развитии.
17.04.1998г. Постановлением администрации г. Рубцовска МС(К)ОУ «Вспомогательная школа – детский сад №25» переименовывали в муниципальное образовательное учреждение «Специальная (коррекционная) школа-интернат для детей с отклонениями в развитии». Чуть позже, 22.06.1998 года, учреждение поменяло название на муниципальное образовательное учреждение «Специальная коррекционная школа №2».
Когда школа начала функционировать в круглосуточном режиме с 04.07.2000 года её переименовали в муниципальное образовательное учреждение «Специальная (коррекционная) школа-интернат №2»
Муниципальным образовательным учреждением для обучающихся, воспитанников с отклонениями в развитии «Специальная (коррекционная) общеобразовательная школа-интернат №2» учреждение стало после подписания Постановления №2839 главы администрации г. Рубцовска от 20.08.2001 года.
После того, как в 2006 году все учреждения для обучающихся с ОВЗ стали краевыми, учреждение опять поменяло название на краевое государственное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с отклонениями в развитии «Рубцовская специальная (коррекционная) общеобразовательная школа-интернат №2 VΙΙΙ вида» , а позднее в 2008 году появилось уточнение в названии: «краевое государственное специальное (коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья».
В 2009 году школа получило новое здание по адресу: г. Рубцовск, ул. Алтайская, 169-а, где оно и расположено до сих пор.
В период с 2009 по 2015 год директором учреждения была назначена Зиновьева Татьяна Владимировна.
Татьяна Владимировна создала особую коррекционно-образовательную среду. В этот период в учреждении учились и проживали дети – сироты, для которых была обеспечена педагогическая, психологическая, медицинская, социальная поддержка с учетом индивидуальных особенностей и структуры дефекта всех учащихся.
Постановлением администрации Алтайского края от 19.05.2011 г. №272 учреждение опять переименовали в краевое государственное бюджетное специальное
(коррекционное) образовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья «Рубцовская специальная (коррекционная) общеобразовательная школа-интернат №2 VΙΙΙ вида».
С 2015 года и до сих пор учреждение переименовано в краевое государственное бюджетное общеобразовательное учреждение для обучающихся, воспитанников с ограниченными возможностями здоровья «Рубцовская общеобразовательная школа-интернат №2».
С 2015 года руководителем учреждения назначена Семион Ольга Александровна. В период её руководства были открыты кабинеты: психологической разгрузки, ритмики, ЛФК, компьютерный класс; расширены и обновлены современным оборудованием кабинеты социально-бытовой ориентировки, труда, библиотека. Пересмотрены и открыты новые профили трудового обучения. В 2019 году открыт класс для обучения детей с глубокой умственной отсталостью.
С 2020 года директором школы назначена Велиева Светлана Анатольевна.
Учреждение постоянно принимает участие в городских и краевых конкурсах разной направленности, по итогам которых получает дипломы, грамоты, ценные подарки. Опыт работы педагогического коллектива востребован, поэтому на базе учреждения проводятся семинары, конференции работников учреждений общественного воспитания края и города.
С августа 2024 года директором школы стала Сенькина Марина Витальевна, которая благодаря своему многолетнему опыту работы в нашей школе (более 25 лет) готова обеспечивать и выполнять текущие и перспективные планы школы-интерната. Марина Витальевна стремится к осуществлению перспективных начинаний, при этом старается, чтобы лучшие традиции школы обязательно были сохранены. Она всегда держит руку на пульсе школьных дел, может каждого понять, принять, простить и всегда готова протянуть руку помощи коллегам, ученикам, родителям.